ในปี ค.ศ. 839 พระเจ้าเอ็กเบิร์ตสวรรคตด้วยสาเหตุทางธรรมชาติ เอเธล์วูล์ฟ พระราชโอรสของพระองค์ได้ขึ้นสืบทอดตำแหน่งโดยไร้ผู้คัดค้านเนื่องจากพระองค์มีคริสตจักรให้การหนุนหลัง

ร่างของพระเจ้าเอ็กเบิร์ตถูกฝังที่วินเชสเตอร์ หลังการพิชิตอังกฤษของชาวนอร์มันได้มีการสร้างอาสนวิหารวินเชสเตอร์ กระดูกของพระเจ้าเอ็กเบิร์ตถูกขุดขึ้นมาและนำไปฝังบริเวณแท่นบูชานักบุญสวิธินในโบสถ์ ในช่วงสงครามกลางเมืองอังกฤษในคริสต์ศตวรรษที่ 17 ทหารของครอมเวลล์ใช้กระดูกของพระเจ้าเอ็กเบิร์ตพังหน้าต่างกระจกย้อมสีของอาสนวิหาร กระดูกเปื้อนติดป้ายหลุมฝังศพของกษัตริย์ราชวงศ์แองโกล-แซกซันคนอื่นๆ ป้ายหลุมศพของบิชอป และป้ายหลุมศพของพระเจ้าวิลเลียมรูฟัส กษัตริย์ราชวงศ์นอร์มัน นักโบราณคดีได้เข้าตรวจสอบซากที่ติดอยู่บนป้าย